党政职能机构

• 纪委、监察专员办公室
• 党政办
• 党委组织部、党校、直属机关党工委
• 党委宣传统战部
• 党委学生工作部（学生工作处）
• 发展规划处、法治办公室、政策研究室
• 教务处
• 科学技术处
• 人事处（职改办）
• 计划财务处
• 招生就业处、创新创业学院
• 保卫处（武装部）
• 后勤处
• 基建规划处
• 资产管理处
• 审计处

群团组织

• 工会、离退休人员党总支
• 团委

教辅机构

• 图书馆
• 教学质量监控与评估中心
• 医院管理办公室
• 校友会办公室
• 新校区建设管理委员会
• 档案馆
• 学报编辑部
• 心理健康教育中心
• 后勤服务中心
• 教师发展中心
• 教育阳光服务中心
• 驻外实习就业联络办
• 校报编辑部

教学机构

• 医学院
• 护理学院
• 康复医学与保健学院（中医学院）
• 药学院
• 公共卫生与检验医学院
• 口腔医学院
• 医学人文与管理学院
• 马克思主义学院
• 国际教育学院（外国语教学研究部）
• 第一临床学院
• 计算机科学教学研究部
• 体育教学研究部
• 继续教育学院（高等职业教育学院）

科研机构

• 民族医药研究中心（侗医药研究湖南省重点实验室）
• 生物医学研究中心

附属医院

• 第一附属医院（第一临床学院）
• 附属怀化二医院
• 附属怀化中医医院
• 附属铜仁医院
• 附属黔东南州医院
• 附属娄底医院
• 附属张家界医院
• 附属三亚医院
• 附属湘潭医院
• 附属湘潭康复医院
• 附属岳阳妇幼保健院
• 附属永州中医医院

教学医院

• 怀化市第一人民医院
• 深圳市宝安区中心医院
• 怀化市妇幼保健院
• 常德市第一中医医院
• 常德市第一人民医院
• 番禺区中医院
• 湖南省人民医院
• 附属岳阳市妇幼保健院
• 怀化市第四人民医院
• 怀化市第五人民医院